- a -

• A : codon.h
• aa : matrix.h
• aa_atob : MSPcrunch.h
• aa_btoa : MSPcrunch.h , matrix.h , MSPcrunch.h , matrix.h
• aafq : matrix.h , MSPcrunch.h , prtMatrix.h , blast.h , matrix.h , MSPcrunch.h , prtMatrix.h
• ac : splice.cpp , splice.h
• accurate : README
• ace : README
• acedbs : tabaln.cpp
• aceid : TestAcedb.java
• ag : splice.cpp , splice.h
• ALINE : align.cpp
• analysis : README
• Aprile : README
• argc : args.cpp
• argv : args.cpp
• argv0 : args.h , args.cpp
• at : README