• alnmethod : alignment.h
• ALNTYPE : dynaln.h
• BTYPE : seqaln.h
• Color : Esambl.h
• comparisonType : sim4.h
• IdType : gecods.cpp , gecods_mysql.cpp
• inftype : gb2ace.cpp
• MEMUSE : seqaln.h
• MTYPE : seqaln.h
• output_format : seqaln2gapos.cpp
• prgtask : chimeradetect.cpp
• PTYPE : seqaln.h
• quality : alignment.h , subcluster.cpp
• refType : ref.h
• SEQALN_DBTYPE : seqaln.h
• SEQALN_FTYPE : seqaln.h
• sequenceType : bioseq.h
• STATS : seqaln.h
• STYPE : seqaln.h