- _ -

• _ : encoding.cpp
• _XOPEN_SOURCE : misc.cpp

- a -

• AAID_CNT : MSPcrunch.h
• AAID_MAX : MSPcrunch.h
• AAID_MIN : MSPcrunch.h
• align : trrpt_alignment.c
• append_score : trtrace.c , ptrace.c , trace.c

- b -

• BLMODeL_H : Blmodel.h
• BUFFSIZE : icat.c

- c -

• CDNA_LOG4_ENTRIES : sim4b1.cpp
• ckprintf : prnt.cpp
• CLEN : misc.h

- d -

• DATAIDX : head.h
• DEBUG : pfogmultipledb.cpp
• DEFAULT_C : sim4.h
• DEFAULT_DRANGE : sim4.h
• DEFAULT_E : dna.h
• DEFAULT_I : dna.h
• DEFAULT_K : sim4.h
• DEFAULT_M : dna.h
• DEFAULT_MIN_COV : sim4.h
• DEFAULT_NUM_I : sim4.h
• DEFAULT_O : dna.h
• DEFAULT_V : dna.h
• DEFAULT_W : sim4.h
• DEFAULT_WEIGHT : sim4.h
• DEFAULT_X : sim4.h
• DELETE : sim4.h
• delseq1 : trrpt_alignment.c
• delseq2 : trrpt_alignment.c
• DIST_CUTOFF : sim4.h

- e -

• END_SIG : sim4.h
• EXTEND_BW : sim4b1.cpp
• EXTEND_FW : sim4b1.cpp

- f -

• FEAT : group.h
• FQTABEL_H : fqtable.h

- g -

• GAP_AA_CHR : MSPcrunch.h
• GEN_LOG4_ENTRIES : sim4b1.cpp

- h -

• HASH_SIZE : sim4b1.cpp
• HAVE_CXX_STRING_HEADER : getsubseq.cpp
• HAVE_NAMESPACE_STD : getsubseq.cpp

- i -

• ICEIL : misc.h
• INSERT : sim4.h
• INTRON : sim4.h

- k -

• KEY_LIMIT : prt.h

- l -

• L : sim4.h
• LEN : initialize.h , oldbionj.c , njtree.h
• LINE : gbfn.h , feature.cpp , blpurify.cpp , ref.h , blast.h , head.h , blpurify.cpp , head.h
• LL : sim4.h

- m -

• MATCH : sim4.h
• MATRIX : blast.h
• max : MSPcrunch.h , sim4.h
• MAX : misc.h
• MAX_ARG_LEN : aln_input.h
• MAX_GRINIT : sim4.h
• MAX_INTERNAL_GAP : sim4.h
• MAX_INTRON : sim4.h
• MAXLINE : seqaln.h
• MAXPATH : seqaln.h
• MAXSEQNAME : seqaln.h
• MAXTITLE : pir_to_fasta.c
• Mexp : blast.h
• min : MSPcrunch.h , sim4.h
• MIN : misc.h
• MIN_INTRON : sim4.h
• MININT : sim4.h
• MISMATCH : sim4.h
• MY_MD5 : cadbc.cpp
• MYSQLPLUS2 : dbaln.cpp , dbaln_cds.cpp , dbaln_fungal.cpp , buildjgitranscript.cpp , dbaln_chimerathread.cpp , dbaln_fungalbt.cpp , dbaln_chimera.cpp , gwseedaln.cpp , dbaln_nr.cpp

- n -

• NA : MSPcrunch.h
• NACHARS : types.h
• NAMESIZE : MSPcrunch.h
• nexti : trrpt_alignment.c
• nextj : trrpt_alignment.c
• NO_CLONE : pfeature.h
• NONVERBOSE : intergenic.cpp
• NORETURN : misc.h
• nuc_to_4 : helper.c
• NUTID_CNT : MSPcrunch.h

- o -

• O_INTRON : sim4.h

- p -

• P : sim4.h
• PRC : initialize.h , oldbionj.c , njtree.h
• PREC : initialize.h , oldbionj.c
• previ : trrpt_alignment.c
• prevj : trrpt_alignment.c

- r -

• RCSID : misc.h

- s -

• S11 : md5.cc
• S12 : md5.cc
• S13 : md5.cc
• S14 : md5.cc
• S21 : md5.cc
• S22 : md5.cc
• S23 : md5.cc
• S24 : md5.cc
• S31 : md5.cc
• S32 : md5.cc
• S33 : md5.cc
• S34 : md5.cc
• S41 : md5.cc
• S42 : md5.cc
• S43 : md5.cc
• S44 : md5.cc
• scandiag : trtrace.c , ptrace.c , trace.c
• scanleft : trtrace.c , ptrace.c
• scanup : trtrace.c , ptrace.c
• SEQRSLT : seqrslt.h
• SIZE : GFSR.c
• SLIDE_INTRON : sim4b1.cpp
• START_SIG : sim4.h
• SUBSTITUTE : sim4.h

- t -

• tandalign : gen_align.c
• tanddelseq1 : gen_align.c
• tanddelseq2 : gen_align.c
• tandnexti : gen_align.c
• tandnextj : gen_align.c
• tandprevi : gen_align.c
• tandprevj : gen_align.c
• TEST_BLOCK_COUNT : driver.cc
• TEST_BLOCK_LEN : driver.cc

- z -

• ZFREE : misc.h