Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- p -

• P : sim4.h , codon.h
• p_cluster : TestAcedb.java
• pages : README
• PAM120 : blast.h , matrix.h , MSPcrunch.h , prtMatrix.h , matrix.h , MSPcrunch.h , blast.h , prtMatrix.h
• parseAllFilesIntoOne() : filterblast.cpp
• parseargs() : aln_input.h , aln_input.c , aln_input.h
• parseargs_str() : aln_input.h , aln_input.c , aln_input.h
• parseargs_str_new() : aln_input.h , aln_input.c , aln_input.h
• parseMultipleFiles() : filterblast.cpp
• parseOneFile() : filterblast.cpp
• partial_good : alignment.h
• passwd : dbaln_fungal.cpp , dbaln_fungalbt.cpp , gwseedaln.cpp , buildjgitranscript.cpp , dbaln.cpp , dbaln_cds.cpp , dbaln_chimera.cpp , dbaln_chimerathread.cpp
• patent : ref.h
• pdelta() : helper.h , helper.c , helper.h
• PERM : sim4.h
• pfitS() : pfitS.c
• pfsdeclump() : pfsdeclump.c
• pgap() : helper.h , helper.c , helper.h
• phashtab : sim4b1.cpp
• PhyML : README
• pickGoodModel() : nrep.cpp
• pickrep() : pickrepmodel.cpp
• pickTop() : preparegw.cpp
• PIPE : seqaln.h
• PIR : seqaln.h
• pluri_align() : sim4b1.cpp
• pnext_pos : sim4b1.cpp
• Pointer : sim4.h
• POINTERS : initialize.h , oldbionj.c
• POSTGRES : seqaln2gapos.cpp
• postorder() : gentree.h , gentree.cpp , gentree.h
• PRC : initialize.h , njtree.h , oldbionj.c
• PREC : initialize.h , oldbionj.c
• preorder() : gentree.h , gentree.cpp , gentree.h
• prepare() : chimeradetect_mysql.cpp
• previ : trrpt_alignment.c
• prevj : trrpt_alignment.c
• prgtask : chimeradetect.cpp
• print_align() : prnt.cpp , prnt.h
• print_align_blk() : sim4main.cpp
• print_align_header() : prnt.h , prnt.cpp
• print_align_header_n() : prnt.cpp
• print_align_lat() : sim4main.cpp
• print_argv0() : misc.cpp
• print_exons() : sim4b1.cpp , sim4b1.h
• Print_output() : initialize.cpp , oldbionj.c , initialize.h
• print_pipmaker_exons() : sim4b1.h , sim4b1.cpp
• print_trace() : aln_output.h , aln_output.c , aln_output.h
• printBanner() : chimeradetect_mysql.cpp
• printFasta() : bioseq.h , bioseq.cpp
• printgaplist() : seqaln2gapos.cpp
• println() : TestAcedb.java
• PRO : seqaln.h
• processAll() : pfogfile.cpp , pfogmultipledb.cpp
• processChains() : combest.cpp
• processChainsPair() : combest.cpp
• processOneBatch() : pfog.cpp
• processOneFile() : gb2ace.cpp , gdna2a.cpp , gprt2a.cpp
• PROFILE : seqaln.h
• program : README
• protein : gb2ace.cpp
• PROTEINSEQ : bioseq.h
• prpt_row() : prpt_row.c
• prtid : TestAcedb.java
• psconn : LoadCDSFromAce.java
• psublast_debug : misc.h , misc.cpp
• ptrace() : ptrace.c
• PTYPE : seqaln.h
• PVALUE : seqaln.h
• pvlocalS() : pvlocalS.c
• pvsrlocalS() : pvsrlocalS.c