Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- c -

• C : codon.h
• C_score : sim4b1.cpp
• case : README
• cases : README
• catch() : TestAcedb.java
• CDNA_LOG4_ENTRIES : sim4b1.cpp
• cDNA_log4s : sim4b1.cpp
• cds_range() : sim4main.cpp
• changes : README
• check_consistency_intron_ori() : sim4b1.cpp
• checkchimera() : chimeradetect.cpp , chimeradetect_mysql.cpp
• checkcluster() : chimeradetect.cpp
• checkclusterFromStream() : chimeradetect.cpp
• checkcontain() : picktopcds.cpp
• CHECKDB : chimeradetect.cpp
• checksplit() : chimeradetect_mysql.cpp
• checksum() : check.cpp
• checkUTRChimera() : nrep.cpp
• chimera_intron_len : nrep.cpp
• chisquare() : rmfalselink.cpp
• chopEnds() : picknewseq.cpp
• chromosomes : README
• ck_argc() : args.cpp , args.h
• ckalloc() : misc.cpp , misc.h
• ckallocz() : misc.cpp , misc.h
• ckargs() : args.cpp , args.h
• ckfree() : misc.cpp , misc.h
• ckfseek() : misc.cpp , misc.h
• ckftell() : misc.cpp , misc.h
• ckopen() : misc.cpp , misc.h
• ckpclose() : misc.cpp , misc.h
• ckpopen() : misc.cpp , misc.h
• ckprintf : prnt.cpp
• ckrealloc() : misc.cpp , misc.h
• claim() : README
• CLASSPATH : README
• cleanBySpecies() : chimeradetect_mysql.cpp
• cleanup() : wolm.cpp
• clearMemory() : picktopcds.cpp
• CLEN : misc.h
• CLINE : align.cpp
• close() : LoadCDSFromAce.java
• closeAce() : LoadCDSFromAce.java
• clustal : alignment.h
• clusterFromFile() : gecods_mysql.cpp
• clusterFromTable() : gecods_mysql.cpp
• clusterIdCnt : qcaln.cc , qcmultialn.cc
• cmp_nocase() : strformat.h , strformat.cpp
• code2seq() : helper.h , helper.c , helper.h
• Color : Esambl.h
• colorRepModels() : nrep.cpp
• columns : checkchimera.cpp
• command : sim4b1.cpp , sim4b1.h
• commonex_len : nrep.cpp
• compact_list() : sim4b1.cpp
• compare() : Seqrange.cpp
• compareMinusChainFirstBefore() : GenModel.cpp , GenModel.h
• compareMinusChainMinusIdenticalRight() : GenModel.cpp , GenModel.h
• comparePlusChainFirstBefore() : GenModel.cpp , GenModel.h
• comparePlusChainIdenticalLeft() : GenModel.cpp , GenModel.h
• comparisonType : sim4.h
• complement : helper.c
• complement_exons() : sim4b1.h , sim4b1.cpp
• complementChar() : bioseq.cpp
• compseq() : helper.h , helper.c
• Compute_sums_Sx() : oldbionj.c
• computeIdentityZValue() : dbaln_fungalrmsimp.cpp
• computeZvalue() : chimeradetect_mysql.cpp , dbaln_fungalrmsimp.cpp , addentropy.cpp , compnr2gentropy.cpp , rmsimpmatch.cpp , dbaln_chimerarmsimp.cpp
• Concatenate() : oldbionj.c
• Condense_both_Ends() : align.cpp , align.h
• Condense_script() : align.h , align.cpp
• connect() : LoadCDSFromAce.java
• connectAce() : LoadCDSFromAce.java
• constructJGIGene() : nrep.cpp
• constructJGIModel() : nrep.cpp
• constructor() : README
• convert() : dbtime.h
• coords : sim4.h
• copy_string() : misc.h , misc.cpp
• copy_substring() : misc.cpp , misc.h
• countIden() : blast.cpp
• countIncludedRange() : wolm.cpp
• countInternalStops() : bioseq.h , bioseq.cpp
• create_alnchimera() : chimeradetect_mysql.cpp
• create_alnsplit() : chimeradetect_mysql.cpp
• create_footprint_exon() : footprintHelper.h , pickrepmodel.cpp , footprintHelper.cpp
• create_gapcount() : chimeradetect_mysql.cpp
• create_modelaln() : chimeradetect_mysql.cpp
• createBootTable() : dbaln_fungalbt.cpp
• createCDSTable() : picktopcds.cpp
• createExonTable() : nrep.cpp
• createFileFrom() : LoadCDSFromAce.java
• createFootprintKeyTable() : footprintHelper.h , footprintHelper.cpp
• createGenericTable() : nrep.cpp
• createLocusTable() : buildlocusinfo.cpp
• createModelTable() : nrep.cpp
• createNREPSW() : chimeradetect_mysql.cpp
• createOutputTable() : gecods_mysql.cpp
• createRemovedTable() : picktopcds.cpp
• createRemoveTable() : pfog.cpp , pfogmultipledb.cpp
• createSummaryTable() : mergefootprint.cpp
• createTmpDelTable() : pickrepmodel.cpp
• createTmpTable() : dbaln_fungalrmsimp.cpp , addentropy.cpp , compnr2gentropy.cpp , rmsimpmatch.cpp , dbaln_chimerarmsimp.cpp
• createTranscriptTable() : buildjgitranscript.cpp
• createUniqueTable() : picktopmodel.cpp , picktopfootprint.cpp
• ct : splice.cpp , splice.h
• Currently : README