Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- a -

• A : codon.h
• aa : matrix.h
• aa_atob : MSPcrunch.h
• aa_btoa : MSPcrunch.h , matrix.h , MSPcrunch.h , matrix.h
• aachar2num() : bioseq.cpp , bioseq.h
• aafq : MSPcrunch.h , prtMatrix.h , matrix.h , MSPcrunch.h , prtMatrix.h , blast.h , matrix.h
• AAID_CNT : MSPcrunch.h
• AAID_MAX : MSPcrunch.h
• AAID_MIN : MSPcrunch.h
• aanum2char() : bioseq.cpp , bioseq.h
• abnormal : ref.h
• ac : splice.cpp , splice.h
• accurate : README
• ace : README
• acedbs : tabaln.cpp
• aceid : TestAcedb.java
• acronym() : util.cpp , util.h , strformat.cpp , strformat.h
• acronymWithDigit() : strformat.cpp , strformat.h
• acronymWithTag() : strformat.cpp , strformat.h
• add_offset_aligns() : sim4main.cpp
• add_offset_exons() : sim4main.cpp
• add_word() : sim4b1.cpp
• addEntropyColumn() : dbaln_fungalrmsimp.cpp , compnr2gentropy.cpp , rmsimpmatch.cpp
• addHSP() : blpur.cpp
• addNewCluster() : qcaln.cc , qcmultialn.cc
• ag : splice.cpp , splice.h
• Agglomerative_criterion() : oldbionj.c
• align : trrpt_alignment.c
• align_get_dist() : align.cpp , align.h
• align_path() : align.cpp , align.h
• align_reverse() : align.h , align.cpp
• alignDNA() : dbaln.cpp , dbaln_cds.cpp , dbaln_fungal.cpp , dbaln_nr.cpp
• alignProtein() : dbaln.cpp , dbaln_cds.cpp , dbaln_chimera.cpp , dbaln_fungal.cpp , dbaln_fungalbt.cpp , dbaln_nr.cpp , gwseedaln.cpp , dbaln_chimerathread.cpp
• ALINE : align.cpp
• allLessVector() : GenModel.cpp , GenModel.h
• alnmethod : alignment.h
• ALNTYPE : dynaln.h
• analysis : README
• anyToString() : strformat.h
• append() : strformat.h , strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp
• append_score : trtrace.c , ptrace.c , trace.c
• Aprile : README
• argc : args.cpp
• argv : args.cpp
• argv0 : args.h , args.cpp
• argv_scores_t : args.h
• asc2num() : util.c , util.h
• assembleChain() : combest.cpp
• at : README
• avgstd() : rmsimpmatch.cpp , dbaln_fungalrmsimp.cpp , addentropy.cpp , compnr2gentropy.cpp